Perldbiprepareが間違った引用符を入れています

それはあなたが求めたことをしているだけです。文字列を指定すると、? 文字列リテラルと同等です。だから

SELECT * FROM Table WHERE field = ?

意味

SELECT * FROM Table WHERE field = 'test'

および

SELECT * FROM ?

意味

SELECT * FROM 'test'

使用する必要があります

$dbh->prepare("
   CREATE TABLE IF NOT EXISTS ".( $dbh->quote_identifier('test') )." (
             `id` bigint(100) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT
          )
");