PHP Mysql NOT IN配列は、配列の最初の結果にのみ影響します

ここで引用する必要はありません：

WHERE id NOT IN('".$exclude."')
                ^            ^

また、1つのクエリで同じ結果を得ることができます：

SELECT 
  id, 
  firstName, 
  lastName 
FROM members 
WHERE id NOT IN
  (SELECT 
     member_id 
   FROM appointments 
   WHERE joint_id = '$jointid')