PHPで置換文字がhtmlエンティティにならないようにするにはどうすればよいですか？

HTMLのエンコードを確認してください（例）

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=<your_charset>">

およびデータベース（たとえば、MySQL）

DEFAULT CHARACTER SET <your_charset> COLLATE <your_collate>

等しくなければなりません。