いいえ、mysqli_queryは分離レベルを自動的に変更しません。 mysqliを介した接続は、多くの点でmysqlcliを介した接続と同じです。どちらの場合も、デフォルトの分離レベルを取得します。また、CLIと同様に、mysqliは接続を介してどのステートメントが送信されるかについて推測することはできません。
とにかく、分離レベルについて心配する正当な理由がある場合は、明示的に設定する必要があると思います。例：
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
そうすることで、必要な分離レベルを確保し、コードで理由をコメント化できます。