ファイルがPHPによって解析される限り、心配する必要はなく、一方が他方よりも安全ではありません。それでも、実用性もあります。mysql_connectを複数の場所に記述し、データベースを別のホストに移動することを決定した場合、パスワードを変更することを決定した場合、またはそれがであることがわかった場合絶対に rootアカウントを使用して接続するのは安全ではありません（変更;））、connectステートメントを1か所にまとめる方が簡単です。
また、PHPがファイルを解析していない場合は、これらの重要なファイルを外部に配置することをお勧めします。 Webルートの、Apacheからもアクセスできません。これが最も安全な方法です。