MySQLのマニュアルには、データベースの数に制限はないと記載されています。MySQLのデータベースの最大数
ただし、各データベースではファイルシステム上に1つのディレクトリを作成する必要があり、ファイルシステムでは1つのフォルダ内のディレクトリ数に制限がある場合があるため、有効な制限があります。
許可されるディレクトリの最大数については、ファイルシステムのドキュメントを確認してください（NTFS〜40億、ext3〜32000、ext4〜unlimitedなど）
MySQLのマニュアルには、データベースの数に制限はないと記載されています。MySQLのデータベースの最大数
ただし、各データベースではファイルシステム上に1つのディレクトリを作成する必要があり、ファイルシステムでは1つのフォルダ内のディレクトリ数に制限がある場合があるため、有効な制限があります。
許可されるディレクトリの最大数については、ファイルシステムのドキュメントを確認してください（NTFS〜40億、ext3〜32000、ext4〜unlimitedなど）