では、行が存在するかどうかを確認するための最良の方法は何ですか？ EXISTS、COUNTまたはnum_rows？

オプション3は、MySQLを使用している場合に行が存在するかどうかを確認する最も速い方法です。

$query = mysql_query("SELECT EXISTS(SELECT 1 FROM users WHERE id = 1)")

if (mysql_result($query, 0) == 1)
    // one user, like it should be.

else 
  // do something else