MySql自己結合クエリ

ここで集計を使用できます：

SELECT job_id
FROM skill_usage
WHERE skill_id IN (3, 4)
GROUP BY job_id
HAVING MIN(skill_id) <> MAX(skill_id);

このクエリは、次のインデックスの恩恵を受けるはずです：

CREATE INDEX idx ON skill_usage (skill_id, job_id);

両方のWHERE およびHAVING 記述されているとおり、句は引数可能 、そしてこのインデックスを利用できるはずです。