Webサーバーにファイルを保存する安全な方法は？

それらをデータベースに保存しないでください。それらをWebディレクトリに配置し、 .htaccessを使用して保護します。 。

他の方法で認証する場合は、Webにアクセスできないが、phpが実行するユーザーが読み取り可能なディレクトリにファイルを保存します。