mySQLi配列からjson配列に直接

クエリにパラメータがない場合は、プリペアドステートメントの使用を避けた方がよいでしょう。このようなもので十分です

header('Content-type: application/json');
echo json_encode(
    $conn->query('SELECT id, name FROM thetable')
         ->fetch_all(MYSQLI_ASSOC)
);
exit;

ステートメントが必要な場合は、 mysqli_stmt ::get_result

$stmt = $conn->prepare($sql);
// $stmt->bind_param(...);
$stmt->execute();
$result = $stmt->get_result();

header('Content-type: application/json');
echo json_encode($result->fetch_all(MYSQLI_ASSOC));
exit;