PDOでバインディングがnullではありませんか？

「NOTNULL」をバインドすることはできません。バインドできるのは値のみです 。 「ISNOTNULL」は値ではなく、クエリ構文がまったく異なります。クエリを動的に構築する必要があります。値のバインドはそれを支援することはできません：

$query = 'SELECT ... WHERE ';
if (/* condition is NOT NULL */) {
    $query .= 'foo IS NOT NULL';
    $stmt = $db->prepare($query);
} else {
    $query .= 'foo = :foo';
    $stmt = $db->prepare($query);
    $stmt->bindValue('foo', $foo);
}
$stmt->execute();