配列の上書きを防ぎ、代わりに新しい配列インデックスを作成します

$keyの値を再割り当てしているため、配列内のデータが上書きされています 遭遇するたびに。

あなたがしたいのは、$keyとしてセカンダリ配列を作成することです この方法でノードを評価してその配列にプッシュすると、期待どおりの結果が得られます。

[
    'NM1' => ['...', '...'],
    'PR1' => ['...', '...']
]

コードは次のようになります

while (($row = fgetcsv($handle, 1000, ";", "\"", "\n")) !== FALSE) {
    $key = array_shift($row);
    // Notice the extra []
    $data[$key][] = $row;
}

各キーには、検出された各行のノードを含む配列が含まれるようになります。