私も同じ問題を抱えています。使用を余儀なくされたプロバイダーにはMyISAMしかなく、InnoDBで開発しました。MyISAMはスキーマの作成時に使用するすべてのFKコマンドを無視しているように見えるため、移行できます。
Mysqlワークベンチからの単純なエクスポートを使用し、リモートホストにスキーマとコンテンツをインポートしました。
InnoDBとFKチェックを使用して開発およびテストしたので、データベースの制約は維持されると思います。コードがしっかりしている場合、データベースの整合性が失われるリスクは最小限に抑えられます。ただし、コードの制約を管理しないと、もちろん、キーに予期しない問題が発生する可能性があります。
InnoDB
の概要 および