MySQLが保存しているとおりに出力しています。 HTMLページにテキストコンテンツを出力しているため、ブラウザは出力とは異なる方法で表示するように設定されています。 （特に、出力する改行ごとに改行は表示されません）。
HTMLで正しく表示するには、改行を改行文字 nl2br
まさにこの目的のための便利な関数です。
ブラウザに意図したとおりに表示させる他の方法は、コンテンツタイプをtext/plainとして設定することです。 text/htmlの代わりに または<pre>を使用します タグ。