NOT INよりも効率的なクエリ（ネストされた選択）

MySQL 5.6にアップグレードします。これにより、サブクエリに対する半結合がより適切に最適化されます。

http://dev.mysql.com/doc/を参照してくださいrefman / 5.6 / en / subquery-optimization.html

または、除外結合を使用します：

SELECT COUNT(t1.table1_id) FROM table1 t1 
LEFT OUTER JOIN table2 t2 USING (table1_id)
WHERE t2.table1_id IS NULL

また、table2.table1_idを確認してください インデックスがあります。