わかりました。問題は、AJAXを使用してファイルをダウンロードしていることだと思います。
通常の方法でAJAX（またはむしろ--JS）を使用してファイルをダウンロードすることはできません。ご存知のとおり、エクスプロイトにはそれを許可するには大きすぎる穴があります（私はそう思います）-とにかくそのような可能性はありません。
ただし、回避策があります。そのうちの1つは、ページ上に非表示のiframeを動的に作成し、その場所をダウンロードスクリプトに変更することです。次に、ダウンロードにJSを使用するのではなく、プレーンなブラウザ機能を使用します。
このページでは別の方法について説明しています：
http://www.filamentgroup.com/lab/jquery_plugin_for_requesting_ajax_like_file_downloads/
たぶんそれはあなたの助けになるでしょう。