SQL Serverデータベースは、スキーマとデータを含むプライマリデータベースファイルと呼ばれるMDFファイルと、ログを含むLDFファイルの2つのファイルを使用します。ウィキペディアを参照してください。データベースは、通常.ndf拡張子を使用するセカンダリデータベースファイルを使用する場合もあります。
John S.が指摘しているように、これらのファイル拡張子は純粋に慣例です。好きなように使用できますが、それを行う正当な理由は考えられません。
MSDNの詳細についてはこちら、SQL Server 2005の管理の開始（Googleブックス）についてはこちらをご覧ください。