リンクサーバーに挿入された行のIDを取得する最良の方法は？

リモート側のsp_executesqlを使用できます ：

DECLARE @ScopeIdentity TABLE (ID int);
INSERT INTO @ScopeIdentity
EXEC server.master..sp_executesql N'
  INSERT INTO database.schema.table (columns) VALUES (values);
  SELECT SCOPE_IDENTITY()';
SELECT * FROM @ScopeIdentity;

または、OPENQUERYを使用することもできます ：

SELECT *
FROM OPENQUERY(server, '
  INSERT INTO database.schema.table (columns) VALUES (values);
  SELECT SCOPE_IDENTITY() AS ID');