C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\SDK\Assemblies は正しいフォルダの場所です（またはC:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\SDK\Assemblies 64ビットシステムの場合）。
以下への参照を追加する必要があります：
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Microsoft.SqlServer.ConnectionInfo.dll
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Microsoft.SqlServer.Smo.dll
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Microsoft.SqlServer.Management.Sdk.Sfc.dll
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Microsoft.SqlServer.SqlEnum.dll
（これらは、SMOアプリケーションを構築するために必要な最小限のファイルです）
SQL Server 2016の場合、この場所はC:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\130\SDK\Assembliesです。 （64ビットバージョンの場合）。
参照：方法：ビジュアルを作成するVisual Studio .NETのC＃SMOプロジェクト
SQL Server管理オブジェクト（SMO）は、関連する SQL Server（20XX）機能パック （これらは再配布可能であるとは思わないので、スモールプリントを確認してください）