コメントへの回答を待っている間、ここで推測します。通常、パッケージはBIDSで正常に実行されますが、コマンドラインからは機能しません。これは、64/32ビットの非互換性に関連していることがわかります。
Excel、Access、またはシートの下でJETドライバーを使用するその他のものを使用していますか？これは32ビットモードでのみ機能します。
64ビットOSでは、デフォルトで新しいODBC接続を作成するときに、32ビットバージョンがアクセスできない64ビット名前空間に接続を作成しますか？
InformixまたはUDB/DB2ドライバーを使用していますか？私はそれらの32のバージョンしか見つけませんでした。
コマンドラインからパッケージを実行する
dtexec
SSISパッケージを実行するためのコマンドラインメカニズムです。 64ビットOS用に2つのフレーバーがあり、どちらもdtexecという名前です。 通常、32ビットはWindowsPath環境変数で参照されます
64ビットOSでは、64ビットへのデフォルトパスは"c:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe"になります。
64ビットOSでも、32バージョンへのパスは"c:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe"になります。
C：\ Src \ MyProject \ MyProjectにあるFooBar.dtsxという名前のパッケージを実行するには、呼び出しは次のようになります
"c:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe" /file C:\Src\MyProject\MyProject\FooBar.dtsx
そのパッケージがMyProjectフォルダー内のSQLServer（DEVSQL01）にある場合、これは同じパッケージを実行するための呼び出しになります。
"c:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe" /SQL \MyProject\FooBar /SERVER DEVSQL01
編集
構成を適用するには、/CONFを指定する必要があります オプション
"c:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe" /file C:\Src\MyProject\MyProject\FooBar.dtsx /CONF C:\FooBar.dtsConfig
コメントを見ると、使用法の唯一の違いは、すべてを二重引用符で囲んでいることです。前後の引用符なしで試してください。