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データセット全体を一度にではなく、バッチで挿入を実行してみてください。
条件が満たされるまで行を選択します
where_inでimplode関数を使用するCodeigniterクエリビルダー
Mysqlのさまざまな条件からの行を合計する
Pgpool for PostgreSQLのガイド:パート1