replace は文字列の先頭のみに一致します

照合の問題です。
一見、信じられないので再現する必要がありましたが、あなたのクエリにも同じ問題がありました.

適切な照合で試してみると、うまくいきます:

select replace(N'AȘ' COLLATE Latin1_General_BIN, N'Ș', N'-')