jsonb_array_elementsを使用したアプローチ およびjsonb_set 正しいアイデアでしたが、どういうわけか間違った方法でネストしました:
UPDATE myTable SET myColumn = jsonb_set(myColumn, '{A}', (
SELECT jsonb_agg( element || '{"myArray":[]}' )
FROM jsonb_array_elements(myColumn -> 'A') element
));
ところで、列にすでにjsonbがある場合 データ型の場合、キャストは必要ありません。