INを使用したpostgresクエリは非常に遅い

CTEに参加してみてください：

with value_list (a,b) as (
  values 
      (a_1, b_1), 
      (a_2, b_2), ..., 
      (a_5000, b_5000) 
)
select *
from table t
  join value_list v on (t.a, t.b) = (v.a, v.b);

（これは、値のリストに重複がないことを前提としています）