flywayによって作成されたpostgresqljdbc接続にタイムゾーンを設定するにはどうすればよいですか？

postgresが解釈しなければならない日付を単に与えるのではなく、タイムスタンプを完全に指定する方が良いでしょう：

insert into my_table(my_date_time)
select '2000-01-01T00:00:00+00';

それが不可能な場合は、-Duser.timezone=UTCを指定してmvnを実行してみてください。 ただし、タイムスタンプを完全に指定することは、誤解や設定ミスの余地がないため、より適切なオプションです。