CSVファイルを前処理するか、(おそらく私が行うことですが)ターゲットテーブルの一時コピーにインポートしてINSERT
2番目のステップで選択した列のみ:
CREATE TEMP TABLE tmp AS SELECT * FROM target_table LIMIT 0;
ALTER TABLE tmp ADD COLUMN etra_column1 text
, ADD COLUMN etra_column2 text; -- add excess columns
COPY tmp FROM '/path/tp/file.csv';
INSERT INTO target_table (col1, col2, col3)
SELECT col1, col2, col3 FROM tmp -- only reelvant columns
WHERE ... -- optional, to also filter rows
一時テーブルは、セッションの終了時に自動的に削除されます。処理に時間がかかる場合は、通常のテーブルを使用してください。