4,000万レコードのテーブルに複数列の主キーを追加する

ALTER TABLE tbl ADD COLUMN tbl_id serial PRIMARY KEY;

それはあなたがする必要があるすべてです。残りは自動的に行われます。マニュアルまたはこれらの密接に関連する回答の詳細：
C++でPostgreSQLの主キーの自動インクリメントがクラッシュする
SQL関数の自動インクリメント

シリアルの追加 カラムは1回限りの操作ですが、コストがかかります。テーブル全体を書き直して、操作中の更新をブロックする必要があります。営業時間外に同時ロードせずに行うのが最適です。 ここのマニュアル を引用します ：

これによりテーブル全体が効果的に書き換えられるため、シリアルpk列を使用して新しいテーブルを作成し、古いテーブルからすべての行を挿入し、シリアルにシーケンスのデフォルト値を入力させ、古いものを削除して新しい名前を変更することもできます。これらの密接に関連する回答の詳細：
PostgreSQL9.2でテーブルをロックせずにデータベース行を更新する
テーブルなしで新しい列を追加ロックしますか？

すべてのINSERTステートメントにターゲットリストがあることを確認してください。そうすれば、追加の列でそれらを混乱させることはできません。

INSERT INTO tbl (col1, col2, ...) VALUES ...

ない：

INSERT INTO tbl VALUES ...

シリアル integerで実装されています 列（4バイト）。
主キー制約は、一意のインデックスと NOT NULLを使用して実装されます。 関連する列に対する制約。
インデックスの内容は、テーブルのように格納されます。追加の物理ストレージは別途必要です。この関連する回答の物理ストレージの詳細：
PostgreSQLのスペースの計算と節約

インデックスには、2つのタイムスタンプ（2 x 8バイト）と長いファイル名が含まれます。パス（〜50バイト？）これにより、インデックスが約2.5 GB大きくなり（40M x 60 ..何かバイト）、すべての操作が遅くなります。

重複の処理

「重複のインポート」の処理方法は、データのインポート方法と「重複」の正確な定義方法によって異なります。

コピーについて話している場合 ステートメントの1つの方法は、一時的なステージングテーブルを使用し、単純な SELECT DISTINCTで重複を折りたたむことです。 またはDISTINCTON INSERTで コマンド：

CREATE TEMP TABLE tbl_tmp AS
SELECT * FROM tbl LIMIT 0;     -- copy structure without data and constraints

COPY tbl_tmp FROM '/path/to/file.csv';

INSERT INTO tbl (col1, col2, col3)
SELECT DISTINCT ON (col1, col2)
       col1, col2, col3 FROM tbl_tmp;

または、既存の行との重複を禁止するには：

INSERT INTO tbl (col1, col2, col3)
SELECT i.*
FROM  (
   SELECT DISTINCT ON (col1, col2)
          col1, col2, col3
   FROM   tbl_tmp
   ) i
LEFT   JOIN tbl t USING (col1, col2)
WHERE  t.col1 IS NULL;

臨時雇用者テーブルはセッションの終了時に自動的に削除されます。

ただし、適切な修正は、最初に重複を生成するエラーのルートに対処することです。

元の質問

1）すべての列に重複が1つある場合、pkをまったく追加できませんでした。

2）PostgreSQLデータベースバージョン8.1にのみ触れます 5フィートのポール付き。それは絶望的に古く、時代遅れで非効率的であり、もはやサポートされておらず、おそらく多くの未修正のセキュリティホールがあります。 公式のPostgresバージョン管理サイト。
@David すでにSQLステートメントを提供しています。

3＆4）重複キー違反。 PostgreSQLがエラーをスローするということは、トランザクション全体がロールバックされることも意味します。これをperlスクリプトでキャッチしても、残りのトランザクションを実行することはできません。たとえば、例外をキャッチできるplpgsqlを使用してサーバー側スクリプトを作成する必要があります。