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MySQLアップデートは制限付きで結合します

    この方法で試すことができます

    UPDATE wp_postmeta t JOIN
    (
        SELECT p.meta_id, m.newmap
          FROM wp_postmeta p JOIN wp_map m
            ON p.meta_value = m.oldmap
         ORDER BY p.meta_id
         LIMIT 100
    ) s
       ON t.meta_id = s.meta_id
      SET t.meta_value = s.newmap;
    

    これがSQLFiddle です。 デモ



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