SQLで多くのレコードを更新する高速な方法はありますか？

それがあなたがそれをすることができる最も速い方法です。

または、1つのコマンドですべてのレコードを更新しますか？

結合を使用して更新を行うことができます（固定構文... Haventはこれをしばらく使用していました）

UPDATE animalTable 
INNER JOIN CodeTable ON animalTable.CodeID = CodeTable.ID 
SET animalTable.cDescription = CodeTable.Description_1;

別のオプションは、更新をより小さなバッチに分割することです。これにより、テーブルがロックされる時間が短縮されます...ただし、更新の合計時間は長くなります（これは、以前のパフォーマンスの向上にすぎません）特定の部分のみを更新することでこれを行うことができます各バッチのID範囲。

また、そのデータを別のテーブルに置くこともできます。データが正規化されていないため。より正規化されるように移動します。