必ず特権をフラッシュしてください：
GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'root'@'%' WITH GRANT OPTION;
FLUSH PRIVILEGES;
ドキュメント から ：
フラッシュ特権
mysqlデータベースの付与テーブルから特権を再ロードします。
サーバーは、GRANTおよびCREATEUSERステートメントの結果として情報をメモリーにキャッシュします。このメモリは、対応するREVOKEおよびDROP USERステートメントによって解放されないため、キャッシュを引き起こすステートメントの多くのインスタンスを実行するサーバーの場合、メモリ使用量が増加します。このキャッシュされたメモリは、FLUSHPRIVILEGESを使用して解放できます。