PDFとして保存するには：
1）データベースを選択します。
2）その他>デザイナー
3）リレーショナルスキーマの座標のインポート/エクスポート 
4）操作（下にスクロール）>リレーショナルスキーマの編集またはエクスポート
[実行]をクリックします。
5）好みを選択します。
[実行]をクリックします。
ファイルを保存します。
画像として保存するには：
手順5で「PDF」の代わりに「SVG」を選択できますが、ERDにとって（少なくとも私にとっては）美的に望ましい結果は得られませんでした。
個人的には、サードパーティのアプリを使用してPDFを画像に変換しました。
参照： phpmyadmin 3.4.0 ERD to PDF