ubuntu（ubuntu 12.04を使用）の場合、デフォルトのphpmyadminapache構成は/etc/phpmyadmin/apache.confにあります。
sudo nano /etc/phpmyadmin/apache.confと入力して開くことができます 3番目を変更します
Alias /yournewalias /usr/share/phpmyadmin
Apacheサービスを再起動することを忘れないでください。
sudo service apache2 restart