$whereを使用できます。かなり遅くなることに注意してください（すべてのレコードでJavascriptコードを実行する必要があります）ので、可能であればインデックス付きクエリと組み合わせてください。
db.T.find( { $where: function() { return this.Grade1 > this.Grade2 } } );
以上コンパクト：
db.T.find( { $where : "this.Grade1 > this.Grade2" } );
mongodbv.3.6+のUPD
$exprを使用できます 最近の回答で説明されているように