次のクエリを試してください:
collection.update(
{ _id: id },
{ $pull: { 'contact.phone': { number: '+1786543589455' } } }
);
指定された_idのドキュメントが検索されます 電話番号を削除します+1786543589455 そのcontact.phoneから 配列。
$unsetを使用できます 配列の値の設定を解除するには(nullに設定します) )、ただし完全に削除するわけではありません。