mongoDBのfindAndModifyとupdateの違いは何ですか？

アイテムをフェッチしてから更新すると、これら2つのステップの間に別のスレッドによる更新が行われる可能性があります。最初にアイテムを更新してからフェッチすると、間に別の更新が行われる可能性があり、更新したものとは異なるアイテムが返されます。

「アトミックに」実行するということは、更新しているのとまったく同じアイテムを確実に取り戻すことを意味します。つまり、その間に他の操作を行うことはできません。