私が行ったこと、そして現在使用していることは、各ドキュメントにノードIDを持つ埋め込み配列です。
したがって、ドキュメントuser1にはプロパティグループがあります：[id1、id2]
また、ドキュメントgroup1にはプロパティusers：[user1]があります。ドキュメントgroup2には、プロパティusers[user1]もあります。
このようにして、Groupオブジェクトを取得し、関連するすべてのユーザーを簡単に選択できます。ユーザーも同じです。
これは、オブジェクトを作成および更新するときにもう少し作業が必要です。 2つのオブジェクトが関連していると言う場合、両方のオブジェクトを更新する必要があります。
MongoDBにはDBReferencesの概念もあり、ドライバーによっては、ドキュメントを取得するときに参照されるオブジェクトを自動的にプルします。
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+References#DatabaseReferences-DBRef