配列から重複するエントリを削除するにはどうすればよいですか？

MongoDB 2.2以降、$unwindで集約フレームワークを使用できます。 、$group および$project これを達成するための段階：

db.users.aggregate([{$unwind: '$favorites.books'},
                    {$group: {_id: '$_id',
                              books: {$addToSet: '$favorites.books'},
                              name: {$first: '$name'}}},
                    {$project: {'favorites.books': '$books', name: '$name'}}
                   ])

$projectの必要性に注意してください favoritesの名前を変更します $group以降のフィールド 集計フィールドはネストできません。