マングースはネストされた配列にデータを入力します

更新： Mongoose 4で追加されたよりコンパクトなバージョンについては、TrinhHoangNhuの回答を参照してください。以下に要約します。

Car
  .find()
  .populate({
    path: 'partIds',
    model: 'Part',
    populate: {
      path: 'otherIds',
      model: 'Other'
    }
  })

マングース3以下：

Car
  .find()
  .populate('partIds')
  .exec(function(err, docs) {
    if(err) return callback(err);
    Car.populate(docs, {
      path: 'partIds.otherIds',
      model: 'Other'
    },
    function(err, cars) {
      if(err) return callback(err);
      console.log(cars); // This object should now be populated accordingly.
    });
  });

このようなネストされたポピュレーションの場合、ポピュレートするスキーマをマングースに指示する必要があります。