前の回答はMongoDB3.4以降では機能しません。バージョン3.4以降でこれを行う適切な方法は、BasicDBObjectを作成し、それをDatabase.runCommand()のパラメーターとして使用することです。これが例です。
final BasicDBObject command = new BasicDBObject();
command.put("eval", String.format("function() { %s return;}}, {entity_id : 1, value : 1, type : 1}).forEach(someFun); }", code));
Document result = database.runCommand(command);