Mongo Find（）関数は_idを除外しません

プロジェクションを指定する正しい方法は、ドライバーのバージョンに応じて、「fields」または「projection」プロパティを使用することだと思います。

collection.find({}, {projection:{ _id: 0 }})

こちらのドキュメントをお読みください。