クエリを1つのステップに制限されていない場合は、次のことを試すことができます。
手順1)$unwind演算子と$group演算子で集計関数を使用して、各ドキュメントの最小アイテムを見つけます
myresults = db.megas.aggregate( [ { "$unwind": "$items" },
{"$group": { '_id':'$_id' , 'minitem': {'$min': "$items.item" } } } ] )
ステップ2)結果をループし、配列から要素を$pullします
for result in myresults['result']:
db.megas.update( { '_id': result['_id'] },
{ '$pull': { 'items': { 'item': result['minitem'] } } } )