2つのmongodbコレクションを比較する方法は？

このようなカスタムequals関数と組み合わせてmongodbevalを使用してみることができます。

最初のケースでは、同じではないオブジェクト参照を比較しているため、メソッドは機能しません。 2番目のケースでは、同じオブジェクトに対してもto_jsonが同じ文字列を生成するという保証はありません。

代わりに、次のようなものを試してください：

var compareCollections = function(){
    db.test1.find().forEach(function(obj1){
        db.test2.find({/*if you know some properties, you can put them here...if don't, leave this empty*/}).forEach(function(obj2){
            var equals = function(o1, o2){
                // here goes some compare code...modified from the SO link you have in the answer.
            };

            if(equals(ob1, obj2)){
                // Do what you want to do
            }
        });
    });
};

db.eval(compareCollections);

db.evalを使用すると、クライアントにコレクションをフェッチせずに、データベースサーバー側でコードが実行されるようになります。