MongoDB 3.2（2015年11月にリリース）は、暗号化されたストレージエンジンを提供します。ドライブ全体を挿入または暗号化する前に、サードパーティのAPIを使用してデータを暗号化する必要はありません。詳細については、こちらをご覧ください。ただし、Enterpriseエディションでのみ提供されることに注意してください。
これは、3.0以降のデフォルトのMMAPv1ストレージエンジンの代替として含まれているWiredTigerストレージエンジンで動作します。データベースでまだMMAPv1を使用している場合は、データベースをMMAPv1からWiredTigerに変換する手順についてこのガイドをお読みください。
フェルナンドパスがコメントで述べたように、暗号化されたストレージはMongoDBEnterpriseエディションでのみ利用可能です。