MongoDBは、2レベルの深さの配列から要素をプルします

これはあなたが使用しなければならないクエリです：

db.collection.update( { "Queries.Results.id":1 }, { $pull: { "Queries.$.Results": {"id":1} } } )

更新するドキュメントを見つけるには、「where」句を指定する必要があります。位置演算子$もありません。クエリには複数の結果が含まれる可能性があるため、これを使用する必要があります。