あるパブリケーションがネストされたフィールドを別のパブリケーションから隠しています

これはバグではなく、流星のMergeBoxの既知の制限です。これは、ほとんどの流星開発者を一度噛む混乱する問題の1つです。

ドキュメントから：

複数のサブスクリプションがフィールドに対して競合する値（同じコレクション名、ドキュメントID、およびフィールド名）を送信する場合、クライアントの値は、任意に選択された公開値の1つになります。

考えられる回避策については、この投稿を参照してください。あなたの例では、できた 次のように公開を変更します：

Meteor.publish 'fooList', ->
  Foo.find {}, fields: foo: 1, bar: 1

これにより、すべてのトップレベルのbarが公開されます 競合を回避するが、特定のユースケースでは受け入れられない可能性があるフィールド。