ObjectIdではなく文字列による他のドキュメントの参照

それほど重要ではないと思います。

ObjectId形式は16進数をエンコードしていると確信しているので、メモリと帯域幅の方がおそらくわずかに効率的です。私はそれを両方の方法で行いました。決定する限り、各フィールドについて、それをどのようにエンコードするかは、どちらでも問題なく機能します。