集計フレームワークで$addToSetを使用して、個別のオブジェクトをカウントできます。
例:
db.collectionName.aggregate([{
$group: {_id: null, uniqueValues: {$addToSet: "$fieldName"}}
}])
または、null _idレコード内のサブドキュメントではなく、一意の値を適切なリストに入れるように拡張します:
db.collectionName.aggregate([
{ $group: {_id: null, myFieldName: {$addToSet: "$myFieldName"}}},
{ $unwind: "$myFieldName" },
{ $project: { _id: 0 }},
])