Mongodb-条件付きの場合は集約$push

"$$REMOVE"を使用できます ：

• このシステム変数はバージョン3.6（mongodb docs）で追加されました

db.collection.aggregate([{
   $group:{
       field: {
          $push: {
              $cond:[
                { $gt: ["$A", 0] },
                { id: "$_id", A:"$A" },
                "$$REMOVE"
            ]
          }
        },
        secondField:{ $push: "$B" }
    }
])

このようにして、nullをフィルタリングする必要はありません。