MongoDBは、読み取り操作のためにマルチコアマシン上のすべてのコアを飽和させることができますが、書き込み操作とmap-reduceの場合、MongoDBはmongodプロセスごとに1つのコアしか利用できません。
シングルコアMapReduceの制限は、MongoDBが利用するJavascriptインタープリターによるものです。これは将来修正される予定ですが、暫定的にHadoopを使用してMapReduceを実行し、結果セットをMongoDBデータベースに保存できます。
結果がまちまちである別のオプションは、インスタンス上のすべてのコアに対して単一のmongodプロセスを実行することです。これにより、シャードセットアップで実行するように構成されていない限り、単一のデータベースのパフォーマンスは向上しません。