Mongoose / MongoDBのネストされたスキーマの適切なパターンは何ですか？

あなたの仮定は正しいと思います。これはマングースの埋め込みドキュメントと呼ばれています。これがマングースのドキュメントの例です。

var Comments = new Schema({
    title     : String
  , body      : String
  , date      : Date
});

var BlogPost = new Schema({
    author    : ObjectId
  , title     : String
  , body      : String
  , date      : Date
  , comments  : [Comments]
  , meta      : {
        votes : Number
      , favs  : Number
    }
});

mongoose.model('BlogPost', BlogPost);

免責事項：必ずしもアイテムの前にコンマを置く必要はありません！